Las unidades ferroviarias , coches y locomotoras saldrán del puerto de Stockton. Se estima un proceso de carga de tres a cuatro días y un trayecto marítimo de entre 12 y 15 días, sujeto a las condiciones climáticas. En Lima, se han coordinado acciones con Panamericana Terminal y la SUNAT para priorizar el desembarque y la liberación aduanera inmediata.
Una vez en el país, los trenes serán trasladados al patio de maniobras del Ferrocarril Central Andino (FCCA) y luego remolcados en grupos hasta la estación de Desamparados. Este envío corresponde al primero de dos embarques que suman un total de 55 coches y ocho locomotoras. La fecha del segundo embarque aún no ha sido confirmada.
Las unidades operarán en rutas que atraviesan los distritos de Ate, El Agustino, Santa Clara, Huaycán, Chaclacayo y Chosica, sobre vías originalmente diseñadas para transporte de carga. Según el alcalde Rafael López Aliaga, estas líneas son aptas también para pasajeros y ofrecerán una nueva alternativa de movilidad en la zona este de Lima.
Aunque el proyecto ha sido presentado como una donación sin costo por parte de Caltrain, la MML deberá asumir más de 24 millones de dólares en gastos de traslado, adecuación y puesta en marcha de los trenes. Esto ha generado críticas sobre la transparencia del proceso y el verdadero estado de las unidades.

Desde California, el senador estatal Dave Cortese criticó la operación y la calificó como una “exportación de contaminación”, al tratarse de locomotoras diésel con más de 40 años de antigüedad. Además, fotografías difundidas por el medio La Encerrona muestran vagones visiblemente deteriorados, con óxido, grafitis y daños estructurales. La antigüedad del material rodante ha generado preocupación sobre su eficiencia y seguridad para transportar pasajeros.
Otro punto de controversia es el contrato firmado con la consultora Rail Electrical Services, responsable del informe técnico que avaló la operación. Investigaciones periodísticas revelaron que esta firma fue constituida por un ex trabajador de Caltrain, no cuenta con oficinas físicas en Estados Unidos y opera desde una dirección virtual en Nuevo México. El informe tuvo un costo superior a los 100 mil dólares.
En medio de la polémica y los constantes cambios de fecha, el alcalde López Aliaga anunció que viajará a Estados Unidos para supervisar personalmente el embarque. A pesar de las críticas, ha insistido en que los trenes están en condiciones de operar y que esta será la primera etapa hacia una mayor conectividad ferroviaria en Lima.
El proyecto del tren Lima-Chosica ha sido planteado como una solución provisional a la congestión del corredor Este de la ciudad. Sin embargo, especialistas en transporte advierten que su implementación requerirá adecuaciones técnicas, pruebas de seguridad y una inversión adicional en infraestructura para que sea viable a mediano plazo.