El último domingo 10 de octubre se jugó la 2da fase de la Copa Perú Excepcional 2021, donde clasificaron 10 equipos: 9 por ser ganadores del partido y el mejor perdedor. A ellos se le suman 3 equipos, quienes al no tener rival en esta fase, pasaron directamente a la tercera.
Uno de los encuentros que sorprendió a propios y extraños fue el que se dio entre Alfonso Ugarte de Puno y Athletico Maldonado de Madre de Dios, pues terminó con un marcador de 8-0 a favor de los altiplánicos. El partido se llevó a cabo en el Estadio Garcilaso de Cusco.
De los 9 partidos disputados, 4 se fueron a penales. El ADT de Tarma empató 0-0 con el Unión Juventud de Chimbote. El cuadro chimbotano se impuso desde los 12 pasos con un marcador de 6-5. De igual manera quedó el encuentro entre Nihue Rao de Loreto y Unión San Martín de Pisco, tras el 1-1 en 90′, por penales ganaron los loretanos 6-5.
Por Lima chocaron Deportivo Maristas de Huacho y Los Ángeles Negros de Yangas. El partido terminó con el marcador igualado (1-1), y en penales el equipo huachano fue superior (4-2). Por su parte, el Real Sociedad de La Libertad y Estrella Azul de Ventanilla no se hicieron daño y en penales el cuadro chalaco se impuso por 4-2.
