En el 2007, desde Chile, fue extraditado al Perú para enfrentar 7 de los 13 procesos penales que tenía pendientes ante la justicia peruana. A fines de ese año, fue condenado a seis años de prisión y la sentencia incluyó el robo de varios ‘vladivideos’, además de una reparación civil de 400 mil soles.
El 20 de julio de 2009, Alberto Fujimori fue condenado a 7 años y medio de prisión por peculado doloso y falsedad ideológica, tras demostrarse el pago de 15 millones de dólares a Vladimiro Montesinos como compensación por tiempo de servicios (CTS). Fujimori aceptó los cargos presentados por la Fiscalía.
Dos meses después, fue condenado a 6 años de prisión por los pagos ilegales a los llamados congresistas tránsfugas, la interceptación telefónica a políticos y periodistas opositores a su gobierno, además de la compra de medios de comunicación y sus líneas editoriales. En este caso, también aceptó los cargos presentados en su contra por el Ministerio Público.
En ese mismo año, Fujimori fue condenado como autor mediato de los actos cometidos por militares en La Cantuta y Barrios Altos, así como por el secuestro agravado del periodista Gustavo Gorriti y del empresario Samuel Dyer, en los sótanos del Servicio de Inteligencia del Ejército.
Posteriormente, Chile amplió la extradición del expresidente Fujimori por el caso de los llamados ‘Diarios chicha’. En primera instancia, fue condenado, pero tras apelar la sentencia, fue absuelto en segunda instancia.
Años más tarde, se volvió a ampliar la extradición de Fujimori, esta vez por el caso de la matanza de los comuneros de Pativilca. Este caso se encuentra actualmente en juicio oral y la Fiscalía ha solicitado una condena de 25 años de prisión. En esta última audiencia de este juicio, el doctor Elio Riera, defensa de Fujimori, advirtió del delicado estado de salud del exmandatario en sus últimas horas.
Recientemente, el Poder Judicial de Chile aprobó en primera instancia la ampliación de la extradición del expresidente Alberto Fujimori, para que pueda ser juzgado en Perú por cinco casos adicionales. Este pronunciamiento tenía pendiente de ser revisado por una sala de la Corte Suprema de Chile, para que se emita una decisión final al respecto.
Los casos incluyen: el secuestro y asesinato de miembros de la familia Ventosilla, perpetrado en 1992 por el desactivado Grupo Colina; las presuntas ejecuciones extrajudiciales de terroristas del MRTA durante la operación de rescate Chavín de Huántar; las muertes y lesiones ocurridas durante el desmantelamiento de un motín en el penal Miguel Castro Castro en 1992; el secuestro agravado de Arturo Moreno Alcántara y otros; y las presuntas esterilizaciones forzadas llevadas a cabo durante su gobierno.
Alberto Fujimori falleció tras haber recuperado su libertad el 6 de diciembre de 2023, gracias a un fallo del Tribunal Constitucional que consideró legal y restituyó los efectos del indulto humanitario que recibió el 24 de diciembre de 2017, durante el gobierno de Pedro Pablo Kuczynski.
De acuerdo con las normas vigentes, los procesos penales que tenía en curso se extinguen con su fallecimiento.
